Djibouti liegt an der Meerenge von Bab el Mandeb am "Horn von Afrika" und grenzt im Südosten an Somalia, im Westen und Süden an Äthiopien, im Nordwesten an Eritrea und im Osten an den Golf von Aden. Dschibut befindet sich auf einem relativ unfruchtbaren Küstenstreifen, der zwischen 20 und 90 km breit ist. Die Küste besteht vorwiegend aus Sandstränden. An die Küstenebene schließt sich eine Bergkette an, die Höhen bis etwa 1.000 m erreicht. Diese Berge gehen in ein Plateau über, das vorwiegend von Halbwüste bedeckt wird.

Die höchste Erhebung von Dschibuti befindet sich an der Grenze zu Äthiopien und Eritrea im Mouso Ali mit 2.063 m.

Dschibuti ist in starkem Maße vulkanisch geprägt, bis heute finden durch die Hebung des Ostafrikanischen Schildes und mit der Entstehung des ostafrikanischen Grabensystems tektonische Aktivitäten statt. Beispielsweise entstand der Vulkan Ardoukoba erst im Jahr 1978.