Djenné ist eine der bekanntesten Städte im Nigerbinnendelta und stellt das Zentrum der mittelalterlichen Lehmarchitektur im Obernigergebiet dar. Die berühmte Große Moschee, die mittelalterlichen Bürgerpaläste und die traditionsreichen Koranschulen erinnern bis heute an die ehemalige kulturelle Hochzeit des Mali- und Songhay-Reiches.

Djenné liegt an einem Nebenfluss des Bani, der die Stadt umfließt. Bei Hochwasser in der Regenzeit zwischen August und Dezember ist Djenné eine Flussinsel. Diese Schutzlage nutzten aus dem Westen eingewanderte Soninke um das Jahr 800 und gründeten Djenné auf den Fundamenten einer früheren Siedlung von Bozo-Fischern. Ein erster Ausbau der Stadt fand im 13. Jahrhundert statt. Soninke-Flüchtlinge aus dem untergangenen Ghana-Reich zogen Richtung Niger und siedelten sich in Djenné an.

Djenné blieb lange  ein Zentrum des Animismus obwohl das Umfeld immer mehr vom Islam geprägt wurde. Im 13. und 14. Jahrhunderts setzte eine langsame Islamisierung durch zugewanderte Kaufleute aus Mali und Nordafrika ein.

Um das Jahr 1300 trat der König von Djenné, Kanboro, zum Islam über und veranlasste den Bau einer ersten großen Lehmmoschee. Kanboro versuchte, siedelte viele neue Bewohner in der Stadt an, um durch Handel und Handwerk die Wirtschaft zu beleben. Da das Mali-Reich (dessen Oberhoheit Djenné unterstand) im 14. Jahrhundert eine Phase von langanhaltender politischer Stabilität genoss, wurde ein ungestörter Handelsaustausch zwischen den Städten und Dörfern im Nigerbinnendelta möglich. Nachdem Timbuktu durch Mali erobert wurde, entstand eine Jahrhunderte anhaltende wirtschaftliche Verbindung zwischen den beiden Städten. Djenné versorgte die Timbuktu mit Produkten aus der tropischen Waldzone und den Savannen wie Lebensmitteln, Gold und Sklaven. Aus Timbuktu kamen im Gegenzug saharisches Steinsalz, Datteln aus den Sahara-Oasen und nordafrikanische Luxusgüter.

1486 wurde Djenné nach siebenjähriger Belagerung von Sonni Ali dem Großen erobert und gehörte nun zum Songhay-Reich. Die wirtschaftlichen und kulturellen Entwicklung von Djenné tat dies jedoch keinem Abbruch. Unter anderem entstand in der Songhay-Zeit die Vorgängerin der heutigen Großen Lehmmoschee, die sudanische Lehmarchitektur mit den prächtigen Bürgerhäusern erreichte um diese Zeit ihren Höhepunkt.

Nach der Eroberung des Songhay-Reiches durch die Marokkaner blieb Djenné zwar noch einige Zeit eine wohlhabende Stadt, doch der Zusammenbruch des westlichen Transsahara-Handels führte zu einem Rückgang ihrer Bedeutung. Die Hauptkarawanenstrecke verlief nun weiter östlich, von Bornu nach Tripolis.

In der Regierungszeit von Seku Ahmadou, einem radikal islamischen Führer der Fulbe Massina, geriet die Stadt in eine Krise. Ahmadou wollte einen straff verwalteten Gottestaat schaffen, ein reiner Islam sollte das Leben bestimmen. Unter anderem ließ er 1830 die Moschee aus der Songhay-Zeit und viele kleinere Moscheen niederreissen da die Marabouts nicht dem "reinen" Islam folgten. An Stelle der alten Gotteshäuser traten neu, weniger geschmückte. 

Zu Beginn der französischen Kolonialzeit, im Jahr 1907, wurde eine neue Große Moschee errichtet, die dem traditionellen, sudanischen Stil folgt und bis heute ein archtektonisches Meisterwerk darstellt.